Budowa nabłonka kanału odbytu rożni się w zależności od lokalizacji. W górnej jego części jest to nabłonek walcowaty, a w dolnej części wielowarstwowy płaski. Granicą występowania obu nabłonków jest tzw. linia zębata. Istotną różnicą jest także inne unerwienie powyżej jak i poniżej linii zębatej.
Kanał odbytu kończy się otworem – odbytem, który otoczony jest przez włókna mięśnia zwieracza zewnętrznego odbytu. Skóra okolicy odbytu nosi nazwę anodermy, która jest gładka, elastyczna i cienka oraz pozbawiona włosów.
W obrębie kanału odbytu występują gruczoły odbytu (w liczbie od 3 do 10) i rozmieszczone są promieniście wokół niego. Według wielu teorii, zamknięcie ujść tych gruczołów jest źródłem powstawania ropni odbytu. W obrębie odbytu występują także hemoroidy.